« Algues » procaryotes
Traditionnellement, on classait les Cyanobactéries parmi les algues, référencées comme cyanophytes ou algues bleu-vert, bien que certains traités les en aient exclues. Elles apparaissent déjà dans des fossiles du Précambrien, datant d'environ 3,8 milliards d'années. Elles auraient joué un grand rôle dans la production de l'oxygène de l'atmosphère. Leurs cellules ont une structure procaryote typique des bactéries. La photosynthèse se produit directement dans le cytoplasme. Lorsqu'elles sont en symbiose avec un champignon, elles forment un lichen.
Elles sont à l'origine des chloroplastes des cellules eucaryotes, et ont ainsi permis aux végétaux de réaliser la photosynthèse, à la suite d'une endosymbiose.
Algues eucaryotes
Toutes les autres algues sont eucaryotes. Chez-elles, la photosynthèse se produit dans des structures particulières, entourées d'une membrane, qu'on appelle chloroplastes. Ces structures contiennent de l'ADN et sont similaires aux cyanobactéries validant l'hypothèse de l'endosymbiose.
Trois groupes de végétaux ont des chloroplastes « primaires » :
- les Chlorobiontes dont font parties les plantes vertes,
- les algues rouges ou Rhodophytes,
- les Glaucophytes.
Dans ces groupes, le chloroplaste est entouré par 2 membranes. Ceux
des algues rouges ont plus ou moins la pigmentation typique des
cyanobactéries, alors que la couleur verte, et celle des plantes
supérieures, est due à la chlorophylle a et b. On pense raisonnablement que[réf. nécessaire]
ces groupes ont un ancêtre commun, c'est-à-dire que l'existence des
chloroplastes serait la conséquence d'un seul événement endosymbiotique.
Deux autres groupes, les Euglénophytes et les Chlorarachniophytes, ont des chloroplastes verts contenant de la chlorophylle a et b.
Ces chloroplastes sont entourés, respectivement, de trois ou quatre
membranes et furent probablement acquis de l'incorporation d'une algue
verte. Ceux des Chlorarachniophytes contiennent un petit nucléomorphe,
reste du noyau de la cellule. On suppose que les chloroplastes des
Euglénophytes ont seulement 3 membranes parce qu'ils furent acquis par myzocytose plutôt que par phagocytose.
Diatomées marines vues au microscope
Les autres algues ont toutes des chloroplastes contenant des chlorophylles a et c.
Ce dernier type de chlorophylle n'est pas connu du moindre procaryote
ou chloroplaste primaire, mais des similarités génétiques suggèrent une
relation avec l'algue rouge. Ces groupes comprennent:
- Hétérokontophytes (par exemple : algues dorées, diatomées, algues brunes)
- Haptophytes (par exemple : coccolithophores)
- Cryptophytes
- Dinoflagellés
Dans les trois premiers de ces groupes (Chromista)
le chloroplaste a 4 membranes, retenant un nucléomorphe chez les
Cryptophytes, et on suppose maintenant qu'ils ont en commun un ancêtre
coloré. Le chloroplaste des Dinoflagellés typiques a 3 membranes, mais
il y a une diversité considérable dans les chloroplastes de ce groupe,
quelques membres ayant acquis leurs plastes par d'autres sources. Les Apicomplexa, un groupe de parasites étroitement apparentés, ont aussi des plastes
dégénérés appelés apicoplastes, différents toutefois des véritables
chloroplastes, qui semblent avoir une origine commune avec ceux des
dinoflagellés.